蚩尤得到无数巫族的投奔，不由越发的嚣张起来，不服从黄帝的命令，残害黎庶，诛杀无辜。又制造兵杖刀载大弩，与黄帝为敌，黄帝遂顺民意，征召各路诸侯兵马讨伐蚩尤。
“刑天，大战将起尔等巫族为何还不去准备？”黄帝看着一脸为难之色的刑天和九凤不由问道。
“陛下，蚩尤之巫族和吾等有同泽之情，同族之义，与之对战于心不忍...万望陛下恕罪！”在刑天等人的带领下巫族哗啦啦的跪了一大片。
黄帝看着下面巫族不由的感慨万千，没了这股强大的力量局势将会进入焦灼状态，可也不敢过分逼迫巫族，免得他们和蚩尤来个里应外合，只能长叹一声，“罢了，你们的心情本皇理解，休息去吧，此次大战，人族足以！”没了巫族帮助的人族打得格外的辛苦，正如黄帝预示的那样进入了胶着！
历经15旬后，也未能打败蚩尤，只好退兵。仓颉和应龙自愧辞掉了相位和将位，为此，黄帝忧心仲仲，日夜盼望能有贤哲辅佐他，以灭蚩尤。
有一天晚上，他梦见大风吹走了天下的尘垢。接着又梦见一个人手执千钧之弩驱羊数万群。醒来后，心觉奇怪。暗想，风，号令而为主；垢，是土解化清，天下难道有姓风名后的人吗?千钧之弩，是希望为能致远，驱羊数万群，是牧人为善，难道有姓力名牧的人不成?于是便派部下在天下到处访寻这两个人。结果在海隅找到了风后，在泽边找到了力牧。黄帝以风后为相，力牧为将，开始大举进攻蚩尤。黄帝请来应龙和其它奇怪的猛兽助战。蚩尤的兵士虽然凶猛，但是遇到黄帝的军队，加上这一群猛兽，也抵挡不住，纷纷败逃。
蚩尤又用妖术制造了一场大雾，使黄帝的兵士迷失了方向。黄帝利用天上北斗星永远指向北方的现象，造了一辆“指南车”，指引兵士冲出迷雾。
黄帝带领兵士乘胜追杀，忽然天昏地黑，浓雾迷漫，狂风大作，雷电交加，天上下起暴雨，黄帝的兵士无法继续追赶。原来蚩尤请来了“风神”和“雨神”来助战。这风神和雨神便是风伯雨师，此二人施法导致黄帝无法追击！
黄帝不由大感头疼，“兵法有云一鼓作气，再而衰，三而竭，诸卿可有办法？”
“陛下勿忧，方丈门下有一女仙名为旱神魃，可令赤地千里！”应龙起身奏道。
黄帝大喜，命人请来旱神魃，不一会，女魃被请到。女魃迈开大步，虎虎生威，穿梭在杀气密布而又风高雨急的战场。
请来天上的“旱神”帮忙，驱散了风雨。一刹那之间，风止雨停，晴空万里。黄帝见蚩尤确实不好对付，就令应龙喷水。应龙张开巨口，江河般的水流从上至下喷射而出，蚩尤没有防备，被冲了个人仰马翻。他也急令风伯雨师掀起狂风暴雨向黄帝阵中打去，只见地面上洪水暴涨，波浪滔天，情况很紧急。这时，女魃上阵了，她施起神施，刹那间从她身上放射出滚滚的热浪，她走到哪里，哪里就风停雨消，烈日当头。风伯和雨师无计可施，慌忙败走了。黄帝率军追上前去，大杀一阵，蚩尤大败而逃.经过许多次激烈的战斗，黄帝先后杀死了蚩尤的八十一个兄弟。蚩尤的头跟铜铸的一样硬，以铁石为饭，还能在空中飞行，在悬崖峭壁上如走平地，黄帝怎么也捉不住他。
追到冀州中部时，黄帝灵感突现，命人把夔牛皮鼓使劲连擂九下，这一下，蚩尤顿时魂丧魄散，不能行走，被黄帝捉住了。黄帝命人给蚩尤戴上枷栲，可无论他想尽办法都无法将蚩尤斩杀，原来蚩尤的大巫之体已经达到巅峰，又岂是人间的凡兵能够伤的了的？
蚩尤不由猖狂的笑着，黄帝部落的士气也为之低落，不论是应龙还是仓颉都对此束手无策，黄帝轩辕关键时刻想起了自己的老师，不得已驾着云头前去方丈，后羿早就料到黄帝会前来，可不欲参与这场战争来了个闭门谢客，黄帝轩辕也不死心，跪倒在关门外，这一跪就是七天七夜，就是后羿也被他的诚心感到，长叹一声，“为了华夏，就是让担上那万千罪孽又如何？”
特命童子将黄帝领了进去，黄帝跪拜完了以后，后羿才开口道：“昔年妖庭二帝为屠戮巫族曾做屠巫剑一把，为师观其不祥，将其束之高阁，今日便重新炼过，助汝斩杀蚩尤！”
“谢老师慈悲！”黄帝见后羿答应帮忙，不由的大喜。
后羿采首山之铜，铜为纯阳之物，用来压制屠巫剑上的凶煞之气。剑身一面刻日月星辰，一面刻山川草木。剑柄一面书农耕畜养之术，一面书四海一统之策。勇气、智慧、仁爱……一切归于两个字：圣道。
“此剑为你而炼，特赐名轩辕！”后羿大手一挥。两个古朴的大字出现在剑柄之上。
黄帝轩辕手持宝剑回到部落，祖龙也派下五色神龙化成五色龙马，五色龙马嘶叫着，用铁锁捆绑住蚩尤的头部和四肢，可无论龙马如何嘶鸣都无法将蚩尤扯碎，蚩尤不由哈哈大笑道：“区区五龙之力岂能杀的了我！”
黄帝也不慌张，恭敬的请出圣道轩辕。对着蚩尤的四肢和头颅各砍一剑，在蚩尤难以置信的眼神中，五马将蚩尤彻底的撕成五块，黄帝怕蚩尤再次复活作乱，将他的五肢压在五极，让他们终生不能相聚。
黄帝彻底的打败蚩尤，天道降下无量的功德，后羿也跟着分了几分，圣道轩辕因为得到功德的洗礼，成为名副其实的人族第一功德至宝。
“该汝出世之日了！”后羿接收到这一丝功德，自然明白黄帝打败了蚩尤，拿出乾坤尺。命童子前来让他将此物送于轩辕。
轩辕兵锋所指，无不投降，一统九州，正为硕大的版图的统治而犯愁的时候，后羿送来量天尺，顿时让他如获至宝，这乾坤尺可大可小，大则如山岳，小则如戒子。是天地间第一把尺子，用来丈量土地最为不过！在燃灯手中之时没有开光，所以威力不显，能和定海珠合成二十四诸天的法宝岂能是凡品？
建立古国体制：划野分疆，八家为一井，三井为一邻，三邻为一朋，三朋为一里，五里为一邑，十邑为都，十都为一师，十师为州，全国共分九州；设官司职，置左右大监，监于万国，设三公、三少、四辅、四史、六相、九德（官名）共120个官位管理国家。对各级官员提出“六禁重”，“重”是过分的意思，即“声禁重、色禁重、衣禁重、香禁重、味禁重、室禁重”，要求官员节简朴素，反对奢靡。提出以德治国，“修德振兵”，以“德”施天下，一道修德，惟仁是行，修德立义，尤其是设立“九德之臣”，教养百姓九行，即孝、慈、文、信、言、恭、忠、勇、义，进行思想道德建设。在使用人才上，访贤、选贤、任能，因才使用。实行以法治国，设“礼文法度”、“治法而不变”，命力墨担任法官、后土担任狱官，对犯罪重者判处流失，罪大罪极者判处斩首等。
黄帝在农业生产方面有许多创造发明，其中主要有实行田亩制。黄帝之前，田无边际，耕作无数，黄帝以步丈亩，以防争端，将全国土地重新划分，划成“井”字，中间一块为“公亩”，归政府所有，四周八块为“私田”，由八家合种，收获缴政府，还穿土凿井。对农田实行耕作制，及时播种百谷，发明杵臼，开辟园、圃，种植果木蔬菜，种桑养蚕，饲养兽禽，进行放牧等。缝织方面，发明机杼，进行纺织，制作衣裳、鞋帽、帐幄、毡、衮衣、裘、华盖、盔甲、旗、胄。制陶方面，制造碗、碟、釜、甑、盘、盂、灶等。冶炼方面，炼铜，制造铜鼎、刀、钱币、钲、铫、铜镜、钟、铳。建筑方面，建造宫室、銮殿、庭、明堂、观、阁、城堡、楼、门、阶、蚕室、祠庙、玉房宫等。交通方面，制造舟楫、车、指南车、记里鼓车。兵械方面，制造刀、枪、弓矢、弩、六纛、旗帜、五方旗、号角、鼙、兵符、云梯、楼橹、炮、剑、射御等。日常生活方面，熟食、粥、饭、酒、肉、称尺、斗、规矩、墨砚、几案、毡、旃、印、珠、灯、床、席、蹴踘等。
黄帝一生可以说是功绩卓著，发明无数，就连后羿这位跟着混功德的老师也跟着一阵阵汗颜。
可后羿那也不好过，帮助人族打败了巫族，亲手将巫族的复兴捻杀，不由落下了心魔，愧疚之心日日伴随着他，要不是道行高深，功德无量恐怕早就被折磨崩溃了。
可绕是如此，后羿也明显的消瘦了很多，他的修行太过顺利，多行偷巧之事，根基不稳，所以心魔来的最是猛烈，每日都盘膝打坐，抱守本心，以求解脱！