建文三年（1401年）底，有内臣自京师告密，朱棣得知南京空虚可图，决计改变战略。
建文四年（1402年）正月，朱棣率师南下。平安率四万骑兵尾随其后，朱棣得知设伏于淝河，两军发生交战，朱棣派出部将白义、王真、刘江迎敌，却不敌平安，且王真亦被其砍杀。朱棣大怒派出沈清，平安的部将火耳灰迎战，滑稽的是两人纵马而上，在即将相遇之时，火耳灰的战马突然栽倒，火耳灰一个不甚摔下马来，沈清几乎未废吹灰之力便将其擒获。两军哗然，平安无语半晌，稍稍撤退。
四月，平安率军进至小河，派出左右翼进击燕军，燕军大将陈文被杀。南军驻军于桥南，燕军驻军于桥北，对峙数日，平安不想与朱棣耗下去，准备转移，却于北坂遭遇燕军。两军再次发生交战，平安神勇无敌，险些刺死朱棣。
朱棣恼怒异常，率军绕到南军后方打算偷袭，只留千余人驻扎桥北，没想到徐辉祖率军前来支援，双方大战于齐眉山下，大战持续整整一日，以燕军败退告终，随后何福率军前来会合。
燕军战败，陷入窘境。朱棣召集众将商议军情，环视一周，直言道：“战争陷入胶着，时间日久，对我等不利，接下来该如何应对？”
见无人应答，张玉出列，躬身说道：“王爷，盛庸，平安皆是我等手下败将，不足为惧，现下紧要的是魏国公徐辉祖，他与李景隆不同，徐辉祖深谙军事，恐不好对付。”
朱棣点点头，徐辉祖是他小舅子，他怎会不了解。不仅深谙军事，还足智多谋，最重要的是他又是个坚定的保皇派，难缠的紧。见诸将面面相觑，朱棣看向沈清，说道：“詹林有何见解？”
沈清沉吟一会儿，说道：“强攻不行，那便智取。”
朱棣眼睛一亮，连忙问道：“那该如何智取？”
沈清淡淡的说道：“魏国公与王爷关系匪浅。”
沈清点到即止，朱棣却灵光一闪，笑着说道：“好，好一个关系匪浅！詹林不愧是詹林！”
朱允炆信赖倚重文官，性子难免染上了文官清高的习性，对身边身体残缺的内侍多不待见。而燕王则不同，在朱元璋还在时，便与其内侍悄悄交好，以至于朱允炆身边许多内侍心向燕王。南京空虚可图的消息也是朱允炆身边的内侍传出。
朱棣写了一封密信，让人连夜送至京城徐增寿手上，徐增寿当晚就去找李景隆喝酒，话里话外都替李景隆惋惜，借酒醉言道：“兄长此次统帅，临行前眉头紧锁，颇为为难，燕王王妃到底是我等亲姐，实在不忍与之对敌。”
说着有心，听者那就更有心了。李景隆自从回到南京便一直在国公府，也不敢出门，每日里听到的都是闲言碎语，京城百官的唾沫星子都能把他淹死，徐增寿这还是第一个登门探访的人。李景隆郁郁不平，不认为自己指挥有失，全将责任推到南军诸将身上，认为他们是嫉妒他的才华，才合起伙来算计他，尤其记恨代替他统帅的徐辉祖。听到徐增寿之言，他心中微动，见徐增寿酒醉，便吩咐人准备客房，而他则连夜进了宫。
有李景隆进谗，再加上内侍的作用，朱允炆的脑袋再次犯抽，在其猪队友黄子澄的大力支持下，召回徐辉祖的诏书连夜发出。而李景隆请求再次挂帅的想法，也被黄子澄无情浇灭。废话，几十万精兵强将交到他手上，都被他败光了。就算朱允炆脑袋再犯抽，也不会再用他。
建文四年（1402年）四月，徐辉祖被召回，何福无奈只得移师灵璧，以深壕高垒固守。固守虽能抵挡燕军，但粮草却成了问题，何福派人去征粮，好不容易粮食撞上了车，半道却被朱高煦截了胡。何福听闻气的直骂娘，可眼看着大军在城中，粮草每日都在消耗，却无补给，愁的整日睡不着觉，头发都大把的掉。
平安得信后，满心无奈，分兵六万迎战，却中了朱棣的算计。大军陷入苦战，何福出城支援，却又遭遇朱高煦突袭，大败而归。
夜幕降临，朱棣正在打仗用膳，只听帐外的军士扬声回禀，道：“王爷，军中抓到一个探子，现已押来大帐，交由王爷定夺。”
朱棣手中动作一顿，放下手中碗筷，说道：“把人带进来。”
三宝来到大帐门前，挑开门帘走了出去，没一会儿，一个身穿灰色衣衫的中年男人被押了进来。
男人进的帐来，慌忙跪倒在地，说道：“末将曹宁见过王爷。”
朱棣见状挑挑眉，说道：“曹宁？你此来吾军驻地有何居心？”
曹宁连忙解释道：“王爷，末将特来投诚。”
“投诚？”朱棣的眼睛一亮，面无表情的说道：“如何投诚？”
曹宁恭敬的回答道：“王爷，平安、何福意欲在今夜转移，前往淮河征集粮草，约定夜半三声炮响之后，大军出发。”
朱棣大喜，盯着曹宁问道：“此话可当真？”
“末将愿以项上人头担保，绝无虚言！”
“好，若此事当真，待事成，本王绝对不会亏待与你！”
当夜，燕军突然进逼灵璧，发射三炮，南军误以为是出发的信号，争相奔往营门，于是营中大乱，燕军乘机进攻，南军大败，何福逃跑，平安等近二百名文臣武将被俘。
灵璧战败，平安等被捉。盛庸独自率军向南，在淮水南岸排列战舰，准备迎战朱棣大军。谁知燕将邱福等早已偷偷渡过淮河，出现在盛庸军之后。邱福的突袭让南军大乱，已成不可挡之势，盛庸无奈只得收拾残兵退守长江。
朱棣率领燕军以锐不可当之势直逼南京，朱允炆这下慌了，连忙召集群臣商议对策。谁知他依赖的文官集团，不思如何应对，反而对李景隆发起了攻击，以方孝孺为首的众多官员，纷纷请诛李景隆。李景隆整日忧惧不安，唯恐项上人头不保，对方孝孺等人心生怨愤。
“曹国公虽作战不力，到底没有其他错处，这样处置功臣之后，朕以为不妥，此事作罢，以后莫要提及。如今当务之急，是如何应对燕王大军，诸位爱卿有何良策？”
朱允炆的队友齐泰和黄子澄奉命去募兵，还未归来，大殿之上刚才还吵得不可开交的众臣，现在犹如鹌鹑一般，无人出声。
方孝孺左右看看，无奈的叹了口气，说道：“皇上，事急从权，可遣使者前往燕军大营，许以割地，稽延数日，待东南募兵归来。燕军不长舟楫，决战江上，胜负尚未可知。”
朱允炆现在也是热锅上的蚂蚁，心中实在没了主意，见方孝孺这般说，连忙问道：“那以方爱卿之见，该派何人前去？”
方孝孺看向众臣，目光所及之处，个个垂头，唯恐自己被点名，他心中失望，答道：“微臣举荐兵部尚书茹瑺、都督王佐。”
被点名的两人冷汗顿时就下来了，茹瑺连忙跪倒，惶恐的说道：“启禀皇上，此事事关重大，微臣才疏学浅，恐负皇上厚望。”
站在武将一列的李景隆出列，躬身说道：“皇上，臣愿前往。”
李景隆一说话，刚才还如鹌鹑一般的众臣，又开始吵闹起来。说李景隆此举定是有不臣之心，想去给朱棣通风报信。
李景隆心中那个气啊，若是手上有剑，他非得血洗金銮殿。
朱允炆被他们吵得心烦，烦躁的说道：“统统闭嘴！”
向来温文尔雅的朱允炆罕见的发了火，众臣被吓得闭了嘴。
朱允炆看向众人，说道：“既不允曹国公前去，那你们有谁想担此重任？”
众人连忙垂下头，跟刚才斗鸡似的模样完全不同。朱允炆心中失望，第一次用审视的目光看向众人，他信赖并倚重的朝臣，到了国家危难的时刻，居然是这番模样，他开始怀疑自己是否适合当这个皇帝。
“曹国公李景隆、兵部尚书茹瑺、都督王佐听旨，你们三人代朕前往燕军大营，告诉皇叔，若他停战，朕愿划江而治。”
李景隆志得意满的看看众人，跪倒在地，说道：“臣领旨！”
朱棣在大帐中接见三人，李景隆向朱棣转达了朱允炆的意思，朱棣大笑，说道：“本王无罪而被废为庶人，举起靖难是为自保，并不是为了土地。而且先皇分封诸子时，已经都各有分地。你们去将奸臣绑来，本王便马上解甲拜谒孝陵，然后回到封地北平。”
事到如今，让朱棣退兵那是不可能的，他雄才大略，比朱允炆不知强上多少，大明朝需要的是他这样的皇帝。朱棣心中虽这般想，但到底不能这么说，如若不然便是自打嘴巴。
三人心惊胆战的出了大营，将朱棣的话转达给朱允炆。此时齐泰和黄子澄均不在朝中，就算朱允炆想绑他们送给朱棣，也无人可绑，无奈之下又请出朱棣的堂姐庆成郡主前往燕王军中，陈述割地议和的条件。
庆成郡主无意参与他们叔侄之争，奈何圣旨已下，她又不能抗旨，只得坐船来到江北，跟朱棣转述了朱允炆的话，便径直说道：“皇上与王爷之事，我不想参与，奈何圣旨已下。”
“堂姐的意思本王明白，无需忧心，明日本王送堂姐回归。”
朱棣明白庆成的意思，以礼相待，临行时，还亲自送至岸边。
庆成郡主亦不能说动朱棣，朱允炆见事不可为，命众将调集水军于江上，准备与燕军决一死战。
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